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Etude de la liaison entre l'anticorps et l'antigène avec le logiciel libmol :
- Ouvrir "Libmol" dans un nouvel onglet du navigateur (ici la fiche technique de libmol) . - Rechercher dans la librairie de molécule : anticorps anti-virus de la grippe. Ce fichier présente : l'extrémité d'une chaîne légère et d'une chaîne lourde d'un anticorps (extrémité de l'un des bras courts du Y) et la molécule d'antigène (fixée à l'anticorps).
- Afficher la molécule en "sphère" et "chaîne". Identifier les fragments des 2 chaînes de l'anticorps (chaînes A et B) et l'antigène (chaîne C) en plaçant le curseur sur les différentes chaînes.
- Réalisez une coupe de la molécule pour montrer la complémentarité de forme entre l'antigène et l'anticorps : Ouvrir le menu réglage en haut à droite puis régler la "position du plan de coupe avant" de manière à faire apparaître la complémentarité de forme entre l'antigène et l'anticorps - Observer les acides aminés du fragment de l’anticorps qui interagissent avec l’antigène de la grippe : Dans menu réglage (bouton en haut à droite), réinitialiser la molécule. Dans l'onglet "séquence", sélectionner les 2 chaînes de l'anticorps (les chaînes apparaissent en bleu lorsqu'elles sont sélectionnées) puis afficher ces deux chaînes de l'AC en "boules et bâtonnets" . Dans le menu « interaction », sélectionner l'antigène (chaîne C) puis cliquer sur « créer une nouvelle représentation » Diminuer la distance au maximum et observer la relation entre les acides aminés de l'anticorps et l'antigène.
Réalisation du compte rendu : .Choisir la représentation la plus pertinente pour montrer la liaison entre l'antigène et l'anticorps.
Faire une capture d'écran et la légender pour montrer cette liaison Ag/Ac |