L'amidon dans les chloroplastes est une forme de stockage, temporaire de la matière organique ; comme le cliché ci-dessous le montre, cette macromolécule est trop grosse pour pouvoir franchir la double membrane du chloroplaste ; la nuit, des enzymes réalisent une lyse de cette macromolécule en molécules plus petites qui peuvent franchir la double membrane ; c'est sous cette forme de petites molécules que la matière organique est transportée dans le végétal. Dans les organes de réserve tels que les tubercules, les bulbes... de nouvelles macromolécules (comme l'amidon) peuvent alors être synthétisées par des enzymes (synthétases) que possèdent les organes de réserve.

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