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Les expéditions telles que Tara ont
pour objectif de faire un état des lieux de la biodiversité, et de
comprendre l’impact de l’homme. En 2014, les impacts des micro-plastiques
sur l’écosystème marin, dans la Méditerranée, mer la plus polluée du monde
ont par exemple été étudiés.
De nombreuses espèces ont été
identifiées de façon directe. De l’eau de mer a aussi été prélevée afin de
préciser les espèces présentes à partir du séquençage de l’ADN qui s’y
trouve (ADN environnemental =ADNe).
Le logiciel
BLAST (Basic Local Alignement Search Tool)
permet de comparer les séquences nucléotidiques obtenues par séquençage à
celles des bases de données internationales. Si l'identité entre les
séquences est forte, alors on peut identifier l'espèce.
Protocole/Travail demandé
:
-> Copier chaque séquence dans la fenêtre de recherche "Enter
Query Sequence"
-> Lancer la comparaison de séquence en cliquant sur le bouton BLAST en
bas de la page. Un alignement sera jugé comme exploitable s’il possède
plus de 85% d’identité.
-> Identifier le nom latin de l’espèce d'où provient la séquence avec
laquelle votre recherche correspond, et rechercher à quel taxon connu elle
appartient à l’aide d’un moteur de recherche.
-> Présentez vos conclusions et précisez quel aspect de la biodiversité
ces données permettent d’illustrer.
SEQUENCES
A ETUDIER :
>ADNe-1
GGAACTTTAT ATTTAATAGC GGGGGCTTGA GCGGGTTTAG TTGGAACTGG GTTAAGAATA
ATTATTCGTG TTGAATTAGG
GCAGCCTGGG AGTTTAATTG GGGATGGTCA AATTTATAAT GTAGTCGTAA CAGCACATGC
TTTTATCATG ATTTTTTTCA
TAGTTATACC TATTTTAATT GGCGGGTTTG GAAATTGGCT CGTACCCTTA ATATTAGGAG
CAGCCGATAT AGCTTTTCCT
CGTATGAATA ATATAAGATT TTGATTTTTA CTTCCTGCTT TAATTATACT AATTATTAGT
TCTATAGTAG AGAGAGGGGC
AGGAACTGGA TGAACGGTTT ATCCTCCATT ATCTGGAAAT TCAGCTCATG GGGGTAGGTC
AGTAGATTTT GCAATTTTCT
CATTGCATTT AGCAGGGGTA AGATCTATTT TAGGGGCAGT AAATTTTATT TCAACTTTAG
GTAACCTGCG AGTTTTTGGG
ATAGTCATGG ATCAAATACC ATTGTTTGCC TGAGCAGTAT TAATTACTGC CGTTTTACTT
CTTCTTTCTT TACCTGTATT
AGCAGGGGCT ATTACGATAC TGTTAACGGA TCGAAATTTA AATTCCTGTT TCTATGATAC
TGCTGGAGGT GGAGACCCGA
TTCTTTATCA ACATCTATTT TGATTTT
>ADNe-2
ATGTAGCAGA CAGATATGAT ACAGATAGAC ACAGACAGAT AGACAGATAG ACAACAGTCG
CTCAGTCAGT ACGCATTACC
GTGCGCTCGC GACAGCTCGA CGCTCGACGC TCGATCGATC GATATTTCGA TGCGATGACA
GATGACAGAT GACAGTAGAC
AGATGACGAT GCAGATGACA GTGAGACAGA TGACGATGAG AGTAGCAGAT AGCGATGAGC
GATGGGTAGA CGATGACCAC
>ADNe-3
TACGGCTGCG AGTGGACAAA TGGCTGGTGC CTACAGGAGT GCTCTGACTC AAGAGCTATC
AATGTAGCTG TCATAGGCAC
TTGTGTAGCT GCAGAGGGGG AAGAGGCTAT CATTTCTGAC ATAGAATTTG CAGAATCTGC
CACTGTACCA GTAAAGGGAA
GGGCCAGGCA AACTGACTGG GAGATTGCAG GGCTGATCTG GGCCTCTTCC TTGGACTGTG
CTGGGGCAAC CGTGTCAGGC
TGCTCTTCAT CAGAATAATA ATCCTTTATG TAGACCCACT CCACTGTCGG TAATGGGGGG
CTCCGGCATG GTGCTGGCTG
GGCTGTTGGT GGGCTCGTGT TCGGGTAGAG AATACCTGCA TTGACAAAGT TAGTGAGGTC
CCGAGGGATC ACGAAGCTTC
CGTCCCCTTG AATGCATGCG CTCACCATCG CAGGGCTGCC ATTCATATC
>ADNe-4-plastique
CGAGTCTTGC TAAGCACCAT GATTTAAGAT GCTCTTGGTA GAATGTCTTA TCAGCATACT
TTCTAAAACC ATGCTTATTG
CTTTTTGCTC TTCTTCATCT AACTGTTGGA TTTTTTTTAA CCTGAGCATA AGCTCTTGAT
TTTCATCTGT GGCCCATCTT
CCGCATAGTT CATCAATTGA GATCTCCAGA GCATCTGCGA TCTTCACAAG GTTTTCCATT
GTAGGCAAAC CTTCCCCAGA
TTCGTATTTT TTGTACGATG TTAGACTAAT TCCAATTTCA TCAGCCATTT GTGCCTGAGT
CTTATTAATT GCCTTTCTTT
GGTTGGCTAG CCTTTCTTTT ATCTTCATAA CAATCCCCTT TAGCTTGATT TATTTCTATT
GTAAGGCTGT TTTTTTGTAC
ATTAGTCTTG AAAGTGCGCA TTGGTTGCTG TATTTTAGCT CTAAAGGTTA TCTTGACAGG
TTTTTGAAGG CTAATGAAAA
AGCAGATTTT CACTCTTGAC GAATTACAAC TCGATACAAA CGCTTCTCCG TTTGTTTTTG
TCGATTATCT TGCTTGGTCG
GTTCCTTATG CTTCATTCCG TCACGCGCAT AAGTCCGATT TGTCCTCGCT TATCTGGGCG
CCTCTTCCTA AGCCCGATTA
CCGTATGGCT CGCACCCCTG AGCAAAAAGA GAAGTTAATC GAGCTTTATA AGCAGAAGTG
GAACGTTGCC ATGATGGAAC
GCTTGGAGGT GTTTTGCCTT CATGTTCTTG GTCTTCGTAT GTCGCCTTGG CGCGATAAGG
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