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Utiliser le logiciel Anagène pour
comparer les séquences d'acides aminés des différentes chaînes de 2
anticorps :
Ø Télécharger les séquences des différentes chaînes de 2 anticorps différents (clic droit puis "enregistrer la cible sous"). Ø Ouvrir les séquences téléchargées avec le logiciel ANAGENE (dans le dossier logiciels SVT, génétique) cf fiche technique Anagène Le fichier comprend :
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d’une part, les séquences des chaînes lourdes de 2 anticorps :
•
d’autre part les séquences des chaînes légères de ces mêmes
anticorps.
Ø
Comparer
les chaînes légères puis les chaînes lourdes des 2 anticorps.
Choisir
Alignement avec discontinuité.
Rq : Penser à utiliser l’échelle correspondant aux acides aminés.
Chaque chaine est composée d'une partie dite hypervariable et d'une partie constante. Pour chaque chaine, noter la position de la partie hypervariable et de la partie constante
Utiliser le logiciel Rastop pour localiser les parties variables des anticorps :
Ø Ouvrir la molécule d'anticorps (téléchargée précédemment) avec le logiciel RASTOP Ø Utiliser la commande "abc" et la palette de couleur (cf fiche technique) pour afficher différemment les séquences variables des différentes chaînes (que vous avez localisées avec Anagène) .
Rq : Vous devez dans un 1er temps sélectionner les acides aminés souhaités à l'aide de la commande "abc". Une fois sélectionnés, les acides aminés n'apparaissent pas sur la molécule car vous devez ensuite modifier leur représentation pour les faire apparaître.
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